1937年,应云南省主席龙云之邀,庆来先生下乔木而入幽谷,恭敬桑梓,主政云南大学十二载,使云南大学由省立而国立,并被《不列颠百科全书》列入中国15所世界著名大学之一,实现从边疆走向世界的辉煌。
一、办学自主,教授治学。早在上任之前,先生便与龙云“约法三章”:校务行政省政府不加干预;校长有招聘、解聘教职员之权;学生入学须经考试录取,不能凭条子介绍。此三章者,无一不体现出减少行政干预,增加办学自主之理念。主政云大期间,庆来先生成立了校务会、教务会和教授会三大决策机构,并在校务会下设经费稽核、聘任、建筑三大委员会,制定了《国立云南大学学制》、《教职员资格审定暂行规定》、《教职员服务和待遇规程》等规章制度,推行校长领导下教授治校的管理体制。
二、慎选师资,广揽人才。到任途中,先生绕道天津、上海、南京,以聘请、借聘、设讲座等方式,延揽何鲁、严楚江、李炽昌、闻在宥等到云大任教。宣誓就职之时,先生提出慎选师资,提高学校地位等五项基本原则。国立西南联合大学成立后,先生多次与联大校务委员会沟通,促成联大修改禁止教师外出兼课之规定,达成教师互借之协议,聘请潘光旦、陶云逵、李树青等到云大兼职。先生还高薪聘请国学大师刘文典到校任教。庆来先生雍容滇云名士,吸纳九州方家,遂使云大成为群贤汇聚之场所,研究教学之重镇。
三、开放办学,服务桑梓。主政期间,先生以滇省生物繁滋,植物之研究较易而影响与学术之进求甚大而特设植物系;为培养云南需要之医务人员,开发西南边疆而成立医学院;以滇省农业人才之培植及生产方式之改进,尤为不可缓之要图,成立农学院;以开发边疆,同化夷族实为当务之急,增设人类学系。经庆来先生不断恢拓,云南大学由两院七系一专修科,教授三十七,学生三百有二之规模发展成为五院十八系,专修科二,先修班三,附属中学一,医院一,工厂二,农场三的学科门类齐全的综合性大学。