60年来,始终把科学研究作为提高教学质量的基本保证,以高水平科学研究支撑高质量教学的一代代南医人,不断为学校辉煌的学术长卷谱写着一首首创新不辍的动人诗章。近年有4项成果5次入选国家公布的中国医药科技年度十大新闻、中国基础科学研究年度十大新闻。
仅“九五”以来,学校共获得1项国家科学技术发明二等奖,12项国家科技进步二等奖,31项广东省科技进步一等奖,获国家科技进步二等奖数量是广东全省同期获此奖项总数的30%。现有教育部省部共建重点实验室2个,教育部工程研究中心2个,国家中医药管理局科研三级实验室3个,广东省重点实验室13个,广东省国际联合重点实验室2个,广东高校重点实验室6个。省部级重点实验室总数居广东高校第二、全国独立医科院校第一。学校是全国同时拥有国家西药和中药临床药理基地的2所高校之一。建成全国一流、华南最大的医学实验动物研究所。
2004-2010年,学校共获得各级各类纵向科研课题2038项,科研经费5.228亿元,其中“973”项目和国家科技重大专项数量居全国独立医科院校前列。获得国家自然科学基金425项,其中重点项目21项,居全国独立医科院校前列。2009年学校发表国内论文3368篇,较2004年增长96.49%,发表国内论文数量居全国高校第17名、全国医科院校第3名。附属南方医院发表国内论文数居全国医疗机构第8名。学校以第一作者和通讯作者单位发表SCI收录论文在全国医科院校排名第11位。有4篇论文入选科技部“中国百篇最具影响国际、国内优秀学术论文”。
学校有9种期刊是国内本专业领域权威学术期刊。《南方医科大学学报》获教育部精品期刊奖和科技部中国精品科技期刊奖,是全国50家权威期刊之一,是广东唯一一家同时被美国医学索引、美国化学文摘、俄罗斯文摘三大国际权威医学情报检索机构收录的学术期刊,2009年总被引频次1980次,在全国医科院校学报排名第三,2010年被Pub Med收录论文数量居中文期刊第一。
学校原是全军南方战区核、化、生等突发卫生事件应急和救治中心,是国际维和部队医疗队的专门培训机构,汇聚了以上世纪60年代参加“两弹一星”和“三防”医学科技攻关杰出专家为代表的一批著名教授。拥有国内第一家数字化人体热气候仿真室、广东省最早的P3实验室和广东省首家生物技术中试基地,卫生检测中心通过国家CMA计量认证。开发出一大批广泛应用于热区部队的军事医学项目,最具代表性的有:研制了防暑抗疲劳制剂、腹泻主要致病菌的多基因PCR快速诊断盒、野战条件下腹泻特效中药制剂“泻停饮”、能将野外绝大多数水源净化为饮用水的单兵净水器和团营净水机、低成本易携带的30mA野战便携式X光机、微型心电监护仪、多功能生化检验车、新型功能医用敷料等,建立了单兵及群体中暑预警系统,提出了南方战区部队防治感染性腹泻的针对性措施、疟疾免疫快速诊断方法,为提升部队在极端恶劣环境下生存能力、训练能力、实战能力作出了重大贡献。近年又陆续建成广东省应对重大传染病疫情的技术研究中心、应对重大中毒事件技术研究中心、应对突发核事件技术研究中心、应对突发核化生事件技术培训中心,拥有广东省预防医学领域重点学科、重点实验室,是广东省热带医学理事长单位,成为广东应对和处置突发公共卫生事件的骨干力量。