从1945年7月中美英三国发表《波茨坦公告》到1945年8月15日日本正式宣布投降前后,日本有组织、有计划地进行了一场销毁档案的国家行动。关东宪兵队为掩盖罪行,大规模焚烧、销毁档案,同时将一些未及彻底销毁的档案埋入地下。1953年,中国吉林省在建筑施工时发现了埋在关东宪兵队司令部旧址的档案。这些劫后余存的档案大部分因为火烧、土埋、水浸而残缺不全,却是日本侵略罪行最原始的记录,成为揭露日本军国主义罪行的铁证。
吉林省档案馆公布的第一批日本侵华档案共分八个方面内容。反映日军实施南京大屠杀的相关档案,记录了日军在南京及周边地区,对中国平民和放下武器的中国军人实施了长达6个多星期的大规模屠杀、抢掠、强奸和纵火等情况,证实了南京大屠杀发生之前南京人口为100万的事实。在反映日军强征“慰安妇”的档案中,发现了日军以军用公款采购“慰安妇”、日军强征“慰安妇”、朝鲜人“慰安妇”档案;日军实施“慰安妇”制度的普遍性也得到证实。反映向731部队“特别移送”人员的档案,记载了“特别移送”李基洙、李文刚、王国财、姜荣泉的申请、指令、报告等内容。反映日军奴役劳工的档案,记录了日军对中国劳工实施严格管理、残酷迫害情况和劳工严酷恶劣的生存环境。反映日军暴行的档案,记载了日军虐杀平民、儿童、强奸妇女、焚烧村庄、狂轰滥炸等罪行。反映日本向中国东北移民侵略的档案,记录了日本以开发伪满洲国农业为幌子,企图通过移民达到永久统治中国东北的目的。反映镇压东北抗日联军的档案,记录了抗日名将杨靖宇、魏拯民、陈翰章、赵尚志等惨遭日军杀害的情况。反映日军审讯虐待美英战俘的档案,记录了1944年日军击落美军B29轰炸机部分战俘的名单、审讯记录以及太平洋战场上俘虏的美英战俘在奉天俘虏收容所被管理、虐待的情况。